La Conservation départementale d’histoire naturelle, archéologie et ethnologie fréquente la paléontologie depuis quelques années.
On lui doit la commande d’une sculpture à grandeur réelle du Platéosaure de Lons-le-Saunier et sa participation avec le Museum Cuvier de Montbéliard à l’«Année des dinosaures en Franche-Comté » en 1992 avec l’exposition « Dinopub et Ludosaure ». En 1996, elle intitule son journal annuel « Jurassic’Jura ».

En 2003, le Jura français et le Jura suisse s’associent « Autour des dinosaures », film de la série « Fugues franco-suisses » réalisée par FR3 Franche-Comté

Aujourd’hui la Conservation départementale assure le suivi de l’étude du site à pistes de dinosaures de Coisia, découvert en 2004 et propriété départementale. Elle assiste la commune de Loulle sur le territoire de laquelle un imposant nouveau site à pistes de dinosaures a été mis en évidence en 2006. Pour Coisia, la Conservation a sollicité l’expertise de ses collègues du Jura suisse.. ainsi est née l’idée d’avancer ensemble Sur les pistes des dinosaures jurassiques du massif du Jura.

Les fouilles archéologiques menées depuis 1986 sur un tracé autoroutier ont conduit le Canton sur la piste des dinosaures !

Créée en 2000, une équipe dédiée à la paléontologie déploie ses activités au sein de la Section d’archéologie et paléontologie de l’Office de la culture de la République et Canton du Jura, dont le siège est à Porrentruy. C’est un projet pilote dans le domaine de la paléontologie en Suisse, voire même en Europe. C’est en effet la première fois qu’un canton suisse soutient de façon officielle des fouilles et des recherches paléontologiques sur le tracé d’une route nationale, en l’occurrence la Transjurane ou A16, qui reliera les réseaux autoroutiers suisses et français en franchissant le massif du Jura de Bienne à Belfort. De 2002 à 2006, près de 20'000 fossiles ont ainsi été dégagés : plus de 3'000 traces de dinosaures, plusieurs dizaines de carapaces de tortues, des restes de crocodiliens et une importante collection d’invertébrés marins (bivalves, ammonites, oursins, etc.) pour le Jurassique supérieur de Courtedoux ; des ossements de mammifères disparus et des troncs d’arbres fossilisés dans les terrains molassiques de Délémont et, pour la dernière période glaciaire, des restes de grands mammifères (mammouth, rhinocéros laineux, etc) en Ajoie (région de Porrentruy). Les traces de dinosaures découvertes à proximité de Courtedoux et Chevenez, en Ajoie, ont déclenché dès 2002 des réflexions scientifiques et politiques. Le Gouvernement jurassien a en effet décidé de s’engager dans la conservation et la mise en valeur durable de ces sites.

Cet établissement public gère directement pour le compte de l’Etat et des Collectivités Locales plus de 12 millions d’hectares de forêts et d’espaces naturels d’une grande diversité.

Il veille également sur des habitats naturels associés à la forêt : tourbières, pelouses sèches, pelouses alpines, falaises.. L’Office National des Forêts gère la Forêt domaniale de Coisia (159 hectares), sise sur le talus de la route départementale où ont été découvertes les traces de dinosaures. Propriétaire d’une partie du site aux côtés du Conseil général du Jura, il accompagne le projet en co-finançant une partie des coûts de recherche et de développement et en co-pilotant le projet côté français.

Les gouvernements des 5 cantons romands de l’époque adoptèrent en 1937 une Convention intercantonale autorisant l’exploitation sur leur territoire d’un Loterie,dite « Loterie romande » dont le produit net est destiné à des oeuvres de bienfaisance et d’utilité publique de chaque canton contractant, au choix

de ces cantons. Lors de sa création en 1978, la République et Canton du Jura a adhéré à la Loterie romande. Près de 56 millions de francs ont ainsi été distribués. Le projet INTERREG Sur les pistes des dinosaures jurassiques du massif du Jura bénéfice du soutien financier de la Loterie romande.

La Faculté des géosciences de Fribourg est un partenaire actif de la paléontologie du Massif du Jura. Spécialiste des sédiments tertiaires, membre du groupe des scientifiques qui dressent la liste des géotopes du canton du Jura, le professeur Jean-Pierre Berger est mandataire scientifique pour la Section d’archéologie et paléontologie du Jura. Il a formé plusieurs des paléontologues travaillant actuellement sur le tracé de l'autoroute Transjurane.

Les relations de l’Université Lyon I avec la paléontologie du massif du Jura sont anciennes. On lui doit en effet, notamment, la fouille du site de Cerin (Ain), l’étude des niveaux à plantes fossiles de Loulle (Jura).

Pierre Hantzpergue, directeur de l’UFR Sciences de la Terre, Université Claude Bernard, Lyon I, est responsable du comité scientifique chargé de l’étude du site de Coisia. Avec Jean-Michel Mazin (C.N.R.S.), Pierre Hantzpergue est responsable de l’étude scientifique du site à pistes de dinosaures de Loulle découvert en 2006. Il a suscité et coordonné la publication de « Jurassique...Jura. Métamorphoses d'un paysage » qui accompagne le projet INTERREG.

Les riches collections du Musée sont présentées dans une exposition permanente organisée en 5 secteurs : minéralogie, histoire de la Terre, géologie, faune régionale et zoologie régionale. Il dispose aussi de divers services comme une station de soins pour les animaux sauvages.

Sur le plan scientifique, il travaille en étroite collaboration avec l'Université de Fribourg. Le Musée est surtout connu du public fribourgeois pour ses expositions temporaires. L’exposition « Paléomania. Sur la piste des paléontologues dans l’Arc jurassien » est la première exposition consacrée aux recherches récentes en paléontologie que le Musée accueillera en 2008-2009.